Pion Prezesa Zarządu – Dyrektora Generalnego – D – tworzą następujące komórki organizacyjne o ustalonych symbolach kancelaryjnych :
1. Biuro Kadr i Szkoleń – DK
2. Biuro Organizacyjne – DO
   - Sekcja Sekretariatu - DOS
3. Biuro Kontroli Wewnętrznej – DW
4. Biuro Prawne – DR
5. Biuro Prasowe – DM
6. Biuro Promocji – DP
7. Dział Bezpieczeństwa i Higieny Pracy – DB


Pion Członka Zarządu ds. Finansowych i Administracyjnych – E – tworzą następujące komórki organizacyjne o ustalonych symbolach kancelaryjnych:
1.Dyrektor ds. Rachunkowości - Główny Księgowy – EK
   - Zastępca Dyrektora ds. Rachunkowości - Głównego Księgowego
1.1. Dział Finansowy – EKF
1.2. Dział Księgowości Rozrachunkowo-Kosztowej – EKR
1.3. Dział Księgowości Materiałowo-Majątkowej – EKM
     - Sekcja Inwentaryzacji – EKMI
2. Biuro Zamówień Publicznych – EH
   2.1 Sekcja Prowadzenia Postępowań – EHP
   2.2 Sekcja Analizy i Badania Rynku - EH
3. Biuro Najmu i Reklamy – ES
4. Biuro Kontrolingu - EE
5. Biuro Zaopatrzenia i Gospodarki Magazynowej – EZ
6. Biuro Administracyjno-Gospodarcze – EA
7. Dział Informatyki – EI
8. Dział Ochrony Środowiska – EO

Pion Członka Zarządu ds. Inwestycji – I – tworzą następujące komórki organizacyjne o ustalonych symbolach kancelaryjnych:
1. Dyrektor ds. Przygotowania Inwestycji - IP
   - Zastępca Dyrektora
1.1. Dział Przygotowania Inwestycji – IPP
1.2. Dział Dokumentacji Przygotowawczej – IPD
2. Dyrektor ds. Realizacji Inwestycji – IR
   - Zastępca Dyrektora
2.1. Dział Realizacji Odcinka Wschodniego II Linii Metra – IRW
2.2. Dział Realizacji Odcinka Zachodniego II Linii Metra – IRZ
2.3. Dział Inwestycji Modernizacyjnych – IRM
2.4. Dział Dokumentacji Kontraktowej - IRD
3. Biuro Geodezji i Nieruchomości – IG - Sekcja Obsługi Geodezyjnej i Monitoringu – IGM
   - Sekcja Mapy Numerycznej i Nieruchomości - IGN
4. Biuro Analiz i Rozliczeń Inwestycji - IA
5. Dział Kosztorysów i Wycen - IK

Pion Członka Zarządu ds. Eksploatacji – P – tworzą następujące komórki organizacyjne o ustalonych symbolach kancelaryjnych:
1. Dyrektor ds. Ochrony i Zarządzania Kryzysowego – PZ
   - Zastępca Dyrektora
1.1. Dział Ochrony Metra – PZO
1.2. Dział Ochrony Przeciwpożarowej – PZP
1.3. Dział Ochrony Ludności i Informacji Niejawnych – PZI
      - Sekcja Archiwum Zakładowego – PZIA
1.4. Dział Analiz Bezpieczeństwa – PZA
2. Dyrektor ds. Infrastruktury - PL
    - Zastępca Dyrektora
2.1. Dział Automatyki i Łączności – PLA
    - Sekcja Diagnostyki i Serwisu – PLAD
2.2. Dział Budowlany - PLB
2.3. Dział Elektrotrakcyjny – PLE
2.4. Dział Mechaniczny – PLM
2.5. Dział Torowy - PLT
      - Sekcja Diagnostyki – PLTD
      - Sekcja Defektoskopii - PLTF
2.6. Dział Techniczny – PLR
2.7. Dział Utrzymania STP – PLU
3. Dyrektor ds. Przewozów – PR
    - Zastępca Dyrektora
3.1. Dział Nadzoru Ruchu – PRN
      - Sekcja Przygotowania Ruchu - PRNP
      - Sekcja Prac Manewrowych - PRNM
      - Sekcja Szkoleń i Pouczeń Okresowych - PRNS
3.2. Dział Realizacji Przewozów – PRP
3.3. Dział Stacji – PRS
3.4. Dział Obsługi Pasażerów – PRO
4. Dyrektor ds. Taboru – PT
    - Zastępca Dyrektora
4.1. Dział Przeglądów – PTP
      - Sekcja Dyspozytorów – PTPD
      - Sekcja Przeglądów Kontrolnych – PTPK
      - Sekcja Przeglądów Okresowych – PTPO
      - Sekcja Taboru Pomocniczego - PTPT
4.2. Dział Remontów – PTR
      - Sekcja Elektryczna- PTRE
      - Sekcja Elektroniczna – PTRN
      - Sekcja Mechaniczna – PTRM
      - Sekcja Pneumatyki – PTRP
4.3. Dział Technologiczny – PTT
4.4. Dział Logistyki – PTL
5. Dział Kontroli Technicznej - PK